Il avait déjà fait un séjour dans l'armée avant West Poit.
Le 26 mai 1827, sous le nom d'Edgar A. Perry (pseudonyme qu'il réutilisera pour signer certains contes), après s'être vieilli de quatre ans, il s'engage pour cinq ans comme artilleur de seconde classe dans l'armée fédérale.
En novembre, sa batterie est transférée à Fort Moultrie, sur l'ile Sullivan, face à Charleston.
Malgré sa rapide promotion au grade d'artificier, puis de sergent-major (le 1er janvier 1829) et l'amitié de ses supérieurs, Edgar s'ennuie.
John Allan (son père adoptif) lui refuse la lettre d'autorisation sans laquelle il ne peut démissionner.
Le 15 décembre 1828, la batterie d'artillerie où il sert est transférée au Fort Monroe en Virginie.
En 1829 son père adoptif accepte de l'aider à démissionner de l'armée et d'appuyer sa candidature à West Point.
Le 4 avril, Edgar est libéré de l'armée, avant d'intégrer West Point en juin de l'année suivante.